Das Museum befindet sich in den Prunkräumen im 1.Stock des Wasserschlosses Kottingbrunn. Die mit sehenswerten Stuckarbeiten und Fresken versehenen Räumlichkeiten bilden einen stilvollen und würdigen Rahmen für das Museum.

In jahrzehntelanger Arbeit haben die Herren Ing. Rudolf Mehlstaub und Karl Masilko viele Exponate zusammengetragen und damit Mitte der 90er Jahre des vorigen Jahrhunderts auf Wunsch der Gemeinde das Schlossmuseum gegründet.
Durch die sensationellen Römerfunde im Frühjahr 2006 auf dem Gelände des alten Sportplatzes hinter dem Bahnhof wurde das Museum 2007/08 durch die Gemeinde Kottingbrunn renoviert und erweitert, wobei Fresken aus drei Jahrhunderten zum Vorschein kamen.

Mittlerweile ist die Geschichte Kottingbrunns von den ersten Besiedelungen in der Jungsteinzeit (6000 v.Chr.) bis zur Gegenwart fast lückenlos dokumentiert.